So gibt es beim Chihuahua als einzige kleine Hunderasse ein ganz besonderes Merkmal: Eine offene Fontanelle.Die offene Fontanelle ist nicht das Ergebnis der Zucht, sondern wurde auch bei anderen wildlebenden Chihuahuas in Mexiko entdeckt. In der Vergangenheit wurde die offene Fontanelle nicht nur als ein typisches Merkmal akzeptiert, sondern weltweit von dem Standard der Hundezuchtvereine gefordert. Bei allen Föten und Neugeborenen sind die Schädelknochen nicht fest miteinander verbunden, aber bei den meisten Arten, wie auch bei den Menschen, wachsen die Knochen im Laufe der Entwicklung zum Erwachsenen zusammen. Die Fontanelle ist bei den Chihuahuas unterschiedlich in Form und Größe, aber auch selten ist sie bei manchen auch komplett geschlossen. Ist die offene Fontanelle vorhanden, kann man sie auf dem Ober kopf, wo die Stirnknochen zusammen kommen fühlen. Die Tatsache, dass die Chihuahuas einen gewölbten Kopf und manchmal auch eine kleine, offene Fontanelle haben, hat keinerlei Bezug zu einer möglichen Erkrankung an Wasserkopf (Hydrocephalus).
In Amerika haben Studien der letzten Jahre ergeben, dass im Alter von bis 18 Monaten nur 16% der gezüchteten Chihuahuas eine bereits geschlossene Fontanelle haben. Im Alter ab ca.18 Monaten schlossen sich weitere 50% komplett und 2% auf Erbsengröße. In einigen Fällen dauert es bis zu ca. 3 Jahren, bis die Fontanelle sich komplett schließt. In anderen Fällen haben die Chihuahuas lebenslang eine offene Fontanelle.

Der Standard in Deutschland fordert heute einen Chihuahua mit geschlossener oder sehr kleiner offener Fontanelle.